ネイティブアドと記事広告って何が違うの？

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比較的表層的な視点での話なのでいまいちピンときませんでした。

ユーザーからすれば広告だろうが記事だろうが役に立つか立たないかで判断しますし、いずれも広告である以上その旨は表記されるので記事と見間違えることもないはずなので、広告の種類という分類はそもそも意味をなしません。
媒体からすれば、広告である以上編集権の独立が維持できない点では同じです。
広告主にしてみれば伝えたいことと効果的に伝えるという点では同じです。

本質的な違いがどこにあるのか、そもそもあるのかどうか、少し海外の事例を研究する必要がありそうです。